熊本の事情は知らないのであくまで一般論ですが
関西圏のバスも、10カードが使える中で、さらに独自のカードを維持する会社が多いですね。
近江鉄道バスのように辞めた所もあるのは事実ですが、それ以外は辞めるつもりはなさそうに見えます。
emica、らんでんカード、hanica、CI-CA、Tsukica、なっち、kinoca、itappy、NicoPa
独自カードも10カードもそれなりに採算が取れる程度に使われているなら、双方とも維持されるでしょう。
もしどちらかに利用が傾けば、もう片方は不要と判断して切られることになるのだと思いますので、これは言い換えれば利用者の判断ということになるのでしょう。
関西圏の場合、PiTaPaが即日発行できないクレジットカードという残念な代物になったので独自カードを使うしかないという動機になっているという、特殊な事情はあるとは思いますが