@nobudora01 そうですね
残額不足時に精算機でもチャージは可能で、この場合は出場処理は自動改札機で実施されます。

ですが精算機で精算をした場合、ここで出場処理を実施する必要があるので、その時は改札情報として精算機で出場した旨が記録されるようです。

#ICカードこれひとつ
5月に山形県南陽市の「道の駅なんよう」という店が報告されています。しかし実在が確認できず苦戦しましたが、正しくは「駅の駅なんよう」ではないでしょうか？
http://www.city.nanyo.yamagata.jp/kankomidokoro/265

誤解を誘うような店名にするこの事業者が一番悪いとは思うのですが、その前提で登録しました
https://omise.info/detail/5390005007864-p5JCSL

違っていた場合はお知らせ下さい

#ICカードこれひとつ
JR三ノ宮駅で未知の出場が記録されたとして報告されました。

確認したところ、三ノ宮駅で改札機番号 1072 とありますので、おそらく「中央口」ののりこし精算機で精算し、出場記録が付けられたと予想されます。
そのままだと自動改札から出られないので、おそらく発券された切符状の「出場証(精算券)」を手にしていたと思います。
番号から推察すると、その精算券にはのりこし精算機の名前である A72 と印字されていたと予想されます。

また同様の機会があれば報告をいただければ幸いです。

なお、のりこし精算機とはこういう装置です。
https://www.jr-odekake.net/icoca/guide/charge/icoca/adjustment.html

@nobudora01 修正しました