@jp_kasuga @yukipsn 情報ありがとうございます。
共同使用駅の場合、原則降車駅の記録は乗車駅の影響を強く受けますね。
可能なルートの範囲内で最安運賃で精算するルールがあるので、結果として乗降で同じ事業者のルートが選択されることになるからと思われます。
ただこれらの駅では今のところ(TOICA対応していない)JR東海としての駅番号が報告されていないので、JR側からの乗車でも近鉄の駅番号を書き込んでいるのだと思います。
いずれTOICA対応する日が来たら変化する可能性はありますね。