@yaatam そうです。冒頭にコメントで書いてありますが、
sudo cp /home/misskey/misskey/docs/examples/misskey.nginx /etc/nginx/sites-available/misskeyexample.com
cd /etc/nginx/sites-enable
sudo ln -s ../sites-available/misskey.example.com
っていう感じで、nginxのsites-availableにファイルをコピーして編集し、sites-enableにシンボリックリンクを置いて、
sudo nginx -t
で設定ファイルをチェックして、問題無ければ
sudo systemctl reload nginx
という流れです。
ただ、あとSSLの証明書取得があります。certbotなどで取得の手順が必要です。