マリは自身の記憶を持ったクローンを作り、エヴァパイロットの適性を付与。だからエヴァも操縦可能で冬月、ゲンドウ、ユイの旧知の仲であることを匂わせている。アディショナルインパクトの後にシンジを救うのも好きだったユイの願いを汲んでいる。腑に落ちるとはこのこと。自分の中ではこの説に乗っかっておこうと思います。