Fedibirdも改造箇所が多いですから、全機能を活用したいならWebUIがお勧めではありますが、

標準Mastodonのクライアントで使っても問題がおきないように作り込んでいます。

たとえば購読機能は、結果をホームやリストに流し込むものなので、標準Mastodon用のクライアントでまったく問題無く機能を活用できます。

購読が独自のタイムラインに流す機能（Misskeyのアンテナのような）として設計されていれば、WebUIか専用クライアントが必要になるので、考えた上でそうならないように設計したわけです。

連合志向もActivityPubでの互換性を重視することに繋がっていますが、クライアントアプリもそうで、お互いが協調動作するようにすることは非常に大切です。