Mastodonは、サーバ側とクライアント側で分担して、ミュートやフィルターの処理をしているよ。

ホームやリストは、個人別に作成されているから、サーバ側であらかじめミュートやフィルターが処理されるけど、

ローカルや連合などのパブリックタイムラインは全員おなじものを配送するから、クライアント側で処理されたりするの。

クライアントアプリがWebUIと同じ処理をしていればいいんだけど、それが不完全だと、ミュートが効かなかったりフィルターが効かなかったりするので、うまく動いてないなと思ったら違うクライアントアプリを試してみてね。