ツールが見つからない。exFATの仕様は2年前に公開されたばかりでSwitchもmacOSもたぶん解析して実装してて、SwitchのexFATドライバはハッカーによるとかなり出来が悪いらしい。事実かどうかは分からないけど、状況から納得できてしまったので、これ以上の追試は断念。

SDカードのルートフォルダに余計なファイルがあっても、Windowsで一部だけコピーしてても動作した。Windowsでもツールを使うとだめだったり、一部のLinuxでもだめらしい。
なのでexFATの仕様の解釈違いで、ドライバレベルの問題なのだろうが自分の今回の結論。

macOSでSDカードや外付けHDDのルートフォルダに.metadata_never_indexの名前のファイルを置いておくと、常にSpotlightの対象から外してくれるんだ。
Spotlightが使用中で取り外し失敗がなくせるし、環境設定の除外だと繋ぎ直した時に戻っちゃったりするので使える。