解決方法は、ゾーン周りのスペースを0pxで指定すること。スペースの有効/無効が無視されて、px指定が常に効いてしまっているっぽい。

PowerToys v0.64.0でまたFancyZones壊れてない？ウィンドウ間のスペースなしにしてるはずなのにスペースがあるぞ？