AtomエディタでTODOの色や"Link:Open"が動かなくなってるのは、新しいパーサーのtree-sitterがそれを実現する機能を持ってないからで、問題を認識していながらデフォルト有効化しちゃってるらしい。幸い設定からOFFに出来るので、それで回避を。
https://github.com/atom/atom/issues/18196