Atomエディタのパッケージでどうしてこんな分かりやすい不具合をずっと直してくれないのだと思ってたら、昔そのパッケージが機能不足だったときに自分でそれを補完する処理を挟み込むようにしていて、それが原因だった。 自由度高すぎも考えものだし、なにより疑ってごめんなさい。