Mastodonは、現状のダイレクトメッセージ（メンション限定・特定の相手のみ）ではプライベートメッセージとして備えるべき機能が不足していることを認識しており、

真のプライベートメッセージを提供できるまでは、半端に現在のダイレクトメッセージの見た目を磨いたり使いやすく整備しないよう保留しているようです。

メッセージを暗号化する機能についても、以前は枠組みを準備していたのですが、開発がそこで停滞したため、一旦全部取り下げてコードから削除しました。

中途半端に秘匿した通信機能を持たせると、運用上の問題もいろいろ出てくるので、やるからにはしっかり作らないといけません。

計画は存在し、MAS-38 End-to-end encrypted messages として採番されています。

Fedibirdは、ブロック関係やミュートした人の絵文字リアクションは非表示にするよ。それが目的だし、自然だと思う。

そういうの気になる人は、Mastodon系の方が考え方が合うんじゃないかな。