Misskey v10系(nighthike)：2018/04のActivityPub対応後〜2019/06のv10.102.4リリースまでを指す。DBはMongoDB(NoSQL)が使用されている。厳密に言うとv10のリリース開始は2018/10だが、それ以前のバージョンからはDBマイグレーションのみでv10にアップデートが可能だった。v10系のForkに独自機能を加えたインスタンスが現在も複数稼働している。

Misskey v11系(daybreak)：2019/04にリリース。DBがPostgreSQL(RDBMS)に変更されたことで、v10系からアップデートするためには規模の大きいDB移行＆マイグレーションを実施する必要が出た。またRedisの使用がオプションから必須に変更。UIの変更は小さいものの、ページ機能やルーム機能等の機能追加がされた。現時点での主流バージョン。

Misskey v12系(indigo)：2020/02に正式リリース。MisskeyのForkリポジトリとして2019/10から開発されていたDolphinのUIと一部機能を、Misskey逆輸入する形でアップデートされた。v11系からアップデートするには、ごく一部のデータが初期化される破壊的マイグレーションを伴うが、影響範囲は小さい。v11系の機能のうち、利用率の低い機能や不具合の多い機能は廃止されたが、一部機能については復活する予定とのこと。